O Império Inca, construído através da dominação de outros povos pelos quíchuas, deixou os espanhóis maravilhados pelo desenvolvimento cultural alcançado pela civilização, já que existiam grandes cidades, agricultura desenvolvida, sistemas matemáticos, uma bela arquitetura e uma estrutura estatal que possibilitava o controle e o domínio da região.
A ocupação da região por populações que exerciam certa estratificação social e incipientes estruturas estatais datam desde antes da era cristã. Eram predominantemente cidades-estado, cujo centro urbano incluía os templos religiosos, havendo disputas bélicas pela hegemonia regional. Entretanto, a partir do século VII, possivelmente houve a unificação dos povos andinos em alguns impérios.
É dito possivelmente pela dificuldade existente em comprovar tais afirmações em decorrência da falta de documentação histórica, seja pela inexistência de provas materiais ou pela destruição pelos espanhóis do pouco que havia.
Desses impérios é possível destacar o Tiahuanaco, na bacia do lago Tititcaca, e o Império Huari, no vale do Mantaro, onde hoje se localiza o Peru. Houve ainda reinos regionais como o Reino Chimu, localizado no vale do Moche, também no Peru. O Reino Chimu tinha como capital Chancham, uma cidade planejada para viver 80 mil pessoas.
Entretanto, foi o povo quíchua, ou inca, que conseguiu criar um poderoso Império na região da Cordilheira dos Andes. A origem do império remonta ao povoado quíchua de Cuzco no Peru, e que conheceu um rápido crescimento a partir do século XIV. A dinastia imperial teria sido formada por Manco Cápac, segundo relatos orais deixados pelos incas. Mas foi no século XV e XVI que o Império conheceu seu auge, tendo como principais imperadores Pachakuti (1438-1471), Tupa Yupanki (1471-1493) e Huayna Cápac (1493-1525).
A base do império era o trabalho realizado pelos camponeses nas ayllu, aldeias onde era organizado o trabalho agrícola. As terras distribuídas aos camponeses eram propriedades do imperador. Os camponeses deveriam ainda prestar trabalho forçado, as mitas, em obras públicas e outros serviços do governo. Os mitaios proporcionaram a ampliação das áreas agricultáveis e a expansão do império, criando inclusive as famosas áreas de agricultura nos terraços andinos, além de desenvolver sistemas de irrigação nesses locais.
Para organizar a exploração do trabalho camponês e manter o luxo, a suntuosidade e o funcionamento do império, havia uma estruturação hierárquica que se iniciava com os camayocs, os capatazes nas aldeias, passando pelos curacas, funcionários hereditários que recolhiam os impostos. Acima dos curacas havia os kuiricuks, que eram como governadores de províncias, chamadas de wamanis. As wamanis eram subdivisões de quatro grandes territórios do império, que eram comandados pelos apos, os chefes que se reportavam diretamente ao inca, o nome dado ao imperador.
O inca assumia as funções de chefe de Estado e religioso, sendo considerado a encarnação do deus Sol e descendente direto dele. O inca assumia ainda as funções de legislador e comandante do exército, podendo ainda dispor de várias esposas, apesar de haver uma esposa principal, a coya, que era uma de suas irmãs.
A capital Cuzco era o centro nevrálgico do império, convergindo neste local as estradas e sistemas de comunicação, como os correios, além de abrigar os administradores e sacerdotes. Havia ainda outras cidades como Machu Pichu, Tumipampa e Cajamarca, que tinham planejamento e arquitetura elaborados.
Os incas ainda domesticaram animas como as lhamas e a alpaca para realizar os transportes do império, bem como desenvolveram um sistema matemático baseado nos quipus, que através de cordas coloridas e nós, eram utilizados para a contabilidade de diversos serviços. Desenvolveram ainda conhecimentos na astronomia e astrologia.
Com uma população estimada em cerca de 6 milhões de pessoas, o império Inca não conseguiu resistir à investida dos espanhóis a partir de 1531. Além de não utilizar a pólvora, os incas não tiveram resistência para enfrentar as doenças trazidas pelos europeus. Contribuiu ainda para a dominação espanhola os conflitos sucessórios entre os filhos de Huayna Cápac: Huascar e Atahualpa. O último foi vitorioso, mas o enfraquecimento decorrente da sucessão e as disputas entre a aristocracia dos povos dominados e os funcionários do Estado, compostos pelos quíchuas, facilitaram a vitória de Francisco Pizzaro.